Tras derrotar a Ganondorf en Hyrule, Link parte en un viaje personal que lo lleva a las tierras paralelas de Termina.
Despojado de su Ocarina y su caballo por un misterioso Skull Kid, Link queda atrapado en un bucle temporal de tres días.
Debe recuperar la Máscara de Majora antes de que la luna caiga sobre el mundo, destruyendo todo a su paso.
A través de las cuatro regiones, Link debe liberar a los cuatro Gigantes, los únicos seres capaces de detener la caída de la luna.
Utilizando la Canción del Tiempo, Link manipula el ciclo lunar, aprendiendo que cada elección tiene un impacto profundo en los habitantes de Termina.